Το Κ.Υ.Τ.Π.Ε. υποστηρίζεται επιστημονικά από γνωμοδοτικό συμβούλιο αποτελούμενο από τρία μέλη Δ.Ε.Π. του Πανεπιστημίου Κρήτης με ισάριθμα αναπληρωματικά μέλη Δ.Ε.Π. του Ιδρύματος. Ένα εκ των μελών του με το αναπληρωματικό του, επιλέγεται από το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του Ιδρύματος. Το γνωμοδοτικό συμβούλιο ορίζεται από τη Σύγκλητο μετά από πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος και η θητεία των μελών του είναι διετής, με δυνατότητα ανανέωσης. Η σύνθεσητων μελών του γνωμοδοτικού συμβουλίου πρέπει να καλύπτει μεγάλο εύρος των γνωστικών αντικειμένων που θεραπεύει το Ίδρυμα, των επιστημονικών και τε- χνολογικών αναγκών του Κέντρου και να εξυπηρετεί τις επιστημονικές και ακαδημαϊκές ανάγκες της λειτουργίας του. Η λειτουργία του γνωμοδοτικού συμβουλίου συντονίζεται από τον Διευθυντή του Κέντρου