Το Εργαστήριο Επεξεργασίας Δεδομένων ιδρύθηκε με το Προεδρικό Διάταγμα με Αριθμό 174 (ΦΕΚ αρ. 63/10-4-1990) ως Εργαστήριο της Σχολής Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών.

Το Εργαστήριο Επεξεργασίας Δεδομένων της Σχολής Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών, με την 265η/19-03-2009 απόφαση της τακτικής συνεδρίας της Συγκλήτου του Πανεπιστημίου Κρήτης, ανέλαβε τον κεντρικό συντονισμό όλων των υπολογιστικών και δικτυακών υπηρεσιών του Πανεπιστημίου Κρήτης. Οι υπηρεσίες αυτές θα παρέχονται από τεχνικές μονάδες οι οποίες θα λειτουργούν σε όλους τους χώρους εκπαίδευσης, έρευνας και διοικητικών υπηρεσιών του Πανεπιστημίου Κρήτης, τόσο στο Ηράκλειο, όσο και το Ρέθυμνο.